Организован на противоположном Гефсиманскому скиту берегу пруда, при строившихся с 1845 кельях и копавшихся с 1847 юродивым Филиппушкой пещерах.
Позже прославился чудотворной иконой и проживавшими в скиту старцами, особенно прп. Варнавой, посещался многочисленными паломниками.
Ограда построена в 1894, келейные корпуса 1870-1890-х.
Закрыт в 1921, передан детской колонии им. Каляева, позже занят домом-интернатом.
Частично возвращен верующим в 1990.